O teste respiratório de intolerância à lactose é realizado com a ingestão de 50 gramas de lactose dissolvidas em 100 a 500 ml de água. Antes da ingestão dessa mistura, a concentração de hidrogênio expirado é mensurada para se ter um controle basal.

Após a ingestão, realiza-se novas mensurações a cada 15 a 30 minutos por cerca de quatro horas.

Caso seja detectado um aumento maior que 20 ppm (partes por milhão) do valor do hidrogênio expirado basal após análise de duas amostras respiratórias, o teste respiratório indica má absorção da lactose.  Essa mesma sequência pode ser realizada com doses seriadas de glicose. Caso haja elevações menores que 20 mg/dl da glicose sérica, indica-se teste positivo para intolerância à lactose. 

O mesmo teste respiratório pode ser utilizado na avaliação da intolerância a outros dissacarídeos, devendo-se alterar apenas o componente a ser analisado.